Dès juin 1940 et l'arrivée des Allemands sur Lorient, l’occupant s’installe dans les salles de réunions de l'Hôtel de ville de la rue de l'Hôpital (rue Jules Le Grand - place Simone de Beauvoir). Les citernes en sous-sols, inutilisées depuis longtemps, sont utilisées par eux comme abri anti-aérien.
Jusqu'à la destruction de la ville en janvier 1943, la Ville continue de percevoir des taxes sur l'entrée des marchandises notamment sur l'alcool. Ces droits réservés à la municipalité constituent la source essentielle des revenus lorientais. Ils s'agit de taxes sur les produits de consommation courante, les uns payables par les habitants, les autres uniquement par les débitants. Receveurs et préposés d'octrois sont des employés municipaux, communément appelés douaniers.
En 1938, à la veille de la Seconde Guerre mondiale, la municipalité compte 304 employés soit 24 agents administratifs, 25 agents techniques, 65 policiers, 5 agents culturels, 48 employés sociaux, 11 enseignants, 21 employés d'octrois (impôts), 55 pompiers, 3 agents pour l'eau et l'assainissement, 41 femmes de charge et 6 employés des pompes funèbres.En janvier 1943, à la suite des bombardements aériens intensifs des Alliés, les locaux de l'Hôtel de ville sont devenus inutilisables. Le 23 janvier 1943, la mairie est incendiée par les bombes des anglo-américains et entièrement détruite. Pour les services administratifs de la mairie commence alors une succession de déménagements. Tout d'abord, les employés municipaux investissent les locaux d'une pâtisserie située à l'angle de la place Bisson et de la rue des Fontaines. Hélas, ce bâtiment brûle après seulement une journée. Les employés sont alors contraints de se replier dans les locaux de la société d'énergie électrique situés 8 place Alsace-Lorraine.
Après quelques jours dans les locaux de la place Alsace-Lorraine, l'installation n'étant pas satisfaisante et les bombardements étant toujours aussi menaçants, la municipalité déménage sur Brandérion où elle prend ses nouveaux quartiers dans un restaurant pour une quinzaine de jours.
La municipalité du maire Eugène Gallois-Montbrun (nommé par Vichy) s'installe ensuite, sur réquisition, dans le château de Treulan à Sainte-Anne d’Auray en Pluneret (Saint-Anne d’Auray ayant été érigée en commune le 23 février 1950), propriété de la famille Espivent de la Villeboisnet.
Les employés sont logés chez l’habitant au bourg de Sainte-Anne et au bourg de Pluneret à deux kilomètres du château de Treulan. Ils se retrouvent ainsi séparés de leurs familles pour la plupart. Une cantine est aménagée dans la fruiterie du château. Pour le travail de bureau, les employés et leurs cadres sont rassemblés dans la salon principal du château.
Un petit bureau séparé est réservé au maire alors que une petite chapelle intérieure est le siège du secrétariat général. Quelques employés sont installés dans la salle de billard où le billard lui-même sert de bureau. Si le travail administratif est effectué essentiellement par courrier, des Lorientais évacués se déplacent malgré la distance pour soumettre leurs problèmes, exposer leur cas ou se munir d’un document officiel.
Le service état-civil aux registres entièrement sauvés des flammes assure le travail dans une remise à fourrage, au-dessus de l’écurie aux chevaux du châtelain et l’accès se fait par une échelle de meunier.
Les bureaux des services techniques municipaux sont installés à Vannes.
Le service de la défense passive (DP) est évacué sur Languidic où la ville loue des locaux. Tout le matériel qui a pu être sauvé des bombardements y est acheminé et stocké à Notre-Dame des Fleurs, le 21 février 1943. Le personnel habilité à rester sur Lorient par roulement, est rassemblé dans l'école des filles de Kerentrech et nourri par la ville. En janvier 1944, 16 personnes du service sanitaire de la défense passive bénéficient d’un laissez-passer de nuit. À la formation de la Poche de Lorient, du personnel municipal continue d’être employé pour la défense passive sous l'égide du service de la Croix Rouge. En effet, à compter du 4 août 1944, sur ordres des autorités allemandes, seuls les civils indispensables ont le droit de séjourner sur Lorient. Aussi, le fonctionnement de la cantine municipale est suspendu pour la clientèle, à l’exception du personnel de la défense passive tenu de rester sur place. En novembre 1944, ils sont au nombre de six de la DP à obtenir des laissez-passer de la Kommandantur et surtout des brassards : le directeur des services de la DP et sanitaire de l’arrondissement de Lorient, deux infirmières et un brancardier de la défense passive, un médecin de l’hôpital Bodélio et un surveillant général du même hôpital.
Pour les Lorientais restés sur le territoire évacué, le directeur adjoint de la défense passive, Yves Duigou, fait office de maire. Devenu directeur urbain par de la DP par délégation, il maintient une partie de la gestion administrative sur Lorient notamment pour les déclarations d'état-civil, les cimetières, la gestion de la cantine municipale, la distribution de vivres à la population quand ravitaillement il y a. La distribution est prise en charge par une employée de la cantine. En mars 1945, plus aucunes communes ne fourni de ration de pain aux civils à part Lorient qui en distribue sur Lorient et Keryado. Ce rationnement est effectué sur les stocks de la ville jusqu'à la mi-avril et l'arrivée des vivres de la Croix Rouge.
Un groupe d’employés est basé à Melun. Il collabore avec le service de parrainage pour l’aide matériel aux réfugiés, les groupements de réfugiés dispersés en France et les département ayant adopté la ville martyre de Lorient que sont la Mayenne, l’Indre-et-Loire, la Seine-et-Marne.
Au printemps 1944, la mairie s'installe à Auray. Le premier Conseil municipal, où le maire démissionnaire au 1er avril 1941, Emmanuel Svob, retrouve son siège a lieu le 14 octobre 1944 dans la salle des fêtes de la ville d’Auray.
Pour les nourrissons et les jeunes enfants, une distribution de lait, est mise en place sur Lorient, par les services de la mairie de Lorient à partir du 5 mai 1945.
Puis vient enfin le temps de la Libération de la Poche de Lorient. Le 22 juillet 1945, le général de Gaulle se rend dans la ville détruite. La visite se déroule dans une ville presque fantôme car tant que le déminage n'est pas terminé et les baraquements provisoires construits, peu de Lorientais sont autorisé à réintégrer la ville. Des Keryadins ou des Lorientais encore repliés dans les villages des campagnes alentours, viennent à pied pour voir le général, en traversant des paysages désolés. Ce qui amène un envoyé spécial du journal Ouest-France à parler de « pèlerinage » et à écrire : « Lorient a souri aujourd’hui dans ses ruines. C’est la première fois depuis les sombres jours de 1940 et surtout de 1943 ». Le général promet : « Nous referons Lorient, je vous le promets, morceau par morceau, Lorient qui, de toutes les villes de France, est sans doute la plus martyrisée, la plus mutilée et cela mérite de la part du gouvernement tout entier, une attention, un effort de solidarité, plus grand que pour toutes les autres villes ».
Le 1er septembre 1945, l'administration municipale est de retour et s'installe dans les locaux de la Salle des fêtes et de l'école Primaire Supérieure des garçons du quai des Indes (actuelle place Nayel). Les employés y restent jusqu'à l'ouverture de l'actuel hôtel de ville le 1er juillet 1960. Certains services sont installés en baraque comme le service des réfugiés et le service du relogement, le service des pompes funèbres...
En ce qui concerne les archives municipales, une grande partie des archives modernes (apressont détruites en 1942. Toutefois, tout est loin d'avoir disparu dans les bombardements des Alliés sur la ville. C'est le cas des registres de délibérations du conseil municipale, des arrétés du maire, de la correspondance du maire, des listes électorales, des registres d'état-civil, des plans d'urbanisme, des dossiers de construction d'égoûts... À ce sujet, le 16 décembre 1941, le directeur des Archives de France demande, par courrier à l'archiviste départemental du Morbihan, de faire transporter les archives de l'Hôtel de ville de Lorient, des localités d'Hennebont et d'Auray dans l'abri du dépôt à Vannes. Les archives de Lorient n'y sont pas évacuées. Celles d'Hennebont sont mises en caisse et en février 1943, en instance d'être transportées à Vannes alors que pour les archives anciennes de la commune de Ploemeur, malgré plusieurs avis pressant du département, aucune réponse n'est faite pour leur évacuation.
Dans un premier temps, la municipalité de Lorient déplace ses archives pour les mettre à l'abri dans les caves voûtées de l'Hôtel de ville. Il s'agit notamment de tous les documents antérieurs à la Révolution française, des registres de délibérations, en fait des liasses essentielles pour l'histoire et pour l'administration de la commune. En 1942, des dossiers d'archives modernes (après la Révolution française) qui n'ont pas été déplacés à l'abri, sont malheureusement détruits par les bombardements.
Le 22 janvier 1943, Louis Chaumeil, archiviste-bibliothécaire, fait évacuer à la chapelle Sainte-Anne de Brandérion, tous les registres d'état-civil, le cadastre et les documents les plus utiles pour le fonctionnment de la vie municipale. L'Hôtel de Ville est incendié le 23 janvier 1943. Les archives restée dans la cave échappent à l'incendie et l'archiviste départementales informe les Archives nationales le 24 février 1943 que suite à ses visites d'inspections, il confirme que les pièces les plus précieuses ont pu être acheminées à Brandérion et que les pertes sont peu considérables. Les archives municipales qui ont été évacuées vont alors et ce jusqu'à la fin de la guerre, être conservée au château du Launay en Ploërdut qui est gracieusement mis à la disposition de la municipalité par ses propriétaires.
Après l'évacuation de Lorient en février 1943, l'administration continue à fonctionner pour les Lorientais restés sur place. Yves Duigou, directeur urbain de la défense passive, fait office de maire sur le territoire évacué. Les archives ainsi produites sont sous sa responsabilité. Le 28 novembre 1944, le maire réintégré Emmanuel Svob, lui écrit pour qu'il mette à l'abri du vol et des bombardements, les dossiers relatifs à l'état-civil, aux cimetières et autres documents " qui nous seront necessaire pour l'avenir ". Le 7 mars 1945, il informe le maire par courrier que les archives des cimetières et autres, qu'il pensait avoir mis " bien à l'abri des bombardements et destructions [...] sont, en effet, pour la plus grande partie, détruites. j'en suis désolé, navré. Il en est de même des archives de l'Habitation Populaire que j'avais ramassées à l'école sur la demande de Monsieur Bécam. " Ayant peur que les comptes de la cantine pour toute l'année 1944 subissent le même sort, il en joint à un exemplaire à son courrier.
Face aux risques des bombardements sur Lorient, Ploemeur et Port-Louis, les notaires de ces communes déposent aux archives départementales en 1941, tous les dossiers qui avaient plus de 120 ans.
Pour les archives du tribunal, le greffier en chef n'ayant pas réussi en 1942 à se procurer les camions nécessaires à l'évacuation complète des archives, la majeure partie des dossiers est restée aux mains des Allemands. En février 1943, les archives départementales prévoient leurs évacuation sur la commune de Quimperlé devenue le siège du tribunal. La ville est évacuée. Une centaine de registres d'état-civil qui ont pu être transféré à Quimperlé par le greffier au deuxième semestre de 1942, absents jusque là de la collection mise en dépôt aux archives départementales, sont récupérés. L'état des papiers restés au tribunal et retrouvées dans un état pitoyable à la Libération, ne permet à l'archiviste départemental de sauver que quelques liasses.
La sous-préfecture échappant aux incendies, ses dossiers sont évacués aux archives départementales en février 1943. L'Hôtel des finances est détruit. Si tous les registres de la conservation des hypothèques avaient été transféré à Vannes à temps, les archives de la recette des finances et des bureaux de l'enregistrement disparaissent avec les bombes incendiaires. Les locaux de l'administration des douanes échappent également aux bombardements. Le 24 février 1943, les archives départementales sont dans l'attente des camions necessaires.
En 1942, les archives de la justice de paix de Lorient sont incendiées mais tous les documents antérieurs à 1850 étaient déjà déposés à Vannes. Selon l'archiviste départemental, la bibliothèque et les archives de l'arsenal, ne subissent pas de dégâts lors des bombardments de ce début d'année 1943.
Bien qu'il n'arrive pas à contacter mademoiselle Beauchesne des archives de la Marine, l'archiviste départemental, confirme à l'été 1943 que la majeure partie de fonds de la Compagnie des Indes a été évacuée.
Les archives du tribunal de commerce, et les archives de la Chambre de commerce sont conservées dans l'hôttel consulaire du quai des Indes jusqu'à la réquisition de la CCI par les Allemands. Elles sont dès lors stockées dans les magasins généraux de la chambre de commerce (quai de Rohan) sont incendiés le 7 février 1943. Pour le tribunal, toutes les archives postérieures à 1820 sont détruites soit environ 300 liasses et registres. La Chambre de commerce informe l'archiviste en chef du Morbihan le 21 juin 1943 que la majorité de ses archives sont détruites lors des bombardements de janvier et février 1943. L'archiviste départementale informe le directeur des Archives de France le 22 juille qu'il s'agit d'environ 600 liasses et registres ainsi que de 3 000 volumes ou revues qui sont partis en fumée.
Pour les archives de Keryado, les registres de délibérations de 1901 à 1929, ainsi que de nombreux dossiers, sont perdus au cours de déménagements hatifs, constate l'archiviste en chef du Morbihan.