Il est né à Locmariaquer (Morbihan), le 6 février 1762. Son père, François Joseph Vannier est employé des Fermes du Roi à Auray, et marié à Vincente Joannic.
Il a une vie aussi étonnante que celle de Jean-Baptiste Chaigneau et de nombreux points communs avec ce dernier.
Il s’engage dans la Marine Royale à 16 ans et fait plusieurs campagnes. Il arrive en Cochinchine en 1789 avec Monseigneur Pierre Pigneau de Béhaine (évêque d’Adran). Il fait construire plusieurs navires, organise la flotte, aide le prince Nguyen Anh à reconquérir son trône puis reste au service de ce dernier pendant plus de trente ans. Ses services lui valent d’être nommé
mandarin.
Bien intégré dans le pays, il se marie en 1811 avec une cochinchinoise, Magdeleine Sen (Sen-Dong). Six enfants naissent. Il fréquente régulièrement Jean-Baptiste Chaigneau. Il est, du reste, le témoin de ses deux mariages. Les deux familles rentrent ensemble en 1825. Philippe Vannier s’installe à Lorient, 37 rue du port.
Ses services sont aussi reconnus par la France. Ainsi, il est fait chevalier de la Légion d’honneur et de Saint-Louis comme son ami Jean-Baptiste Chaigneau.
Il recopie et met en forme un mémoire de Jean-Baptiste Chaigneau sur la Cochinchine qu’il complète du traité de 1787 entre le Roi de France et le Roi de la Cochinchine, dit « Petit traité de Versailles » . Sur la base de ce document, Napoléon III décide de conquérir, quelques années plus tard, la Cochinchine et le Tonkin.
Philippe Vannier décède le 6 juin 1842. Il est enterré au cimetière de Carnel auprès de Jean-Baptiste Chaigneau. Les deux tombes sont entretenues par la société des Amis du Vieux Hué.